Отсутствие лечения при подостром тиреоидите может привести к тому, что будет повреждено достаточно большое количество тиреоидной ткани и в итоге разовьется необратимая гипофункция щитовидной железы. Раннее, несвоевременное прекращение лечения сопровождается возобновлением всех проявлений болезни, заболевание приобретает рецидивирующее течение, что тоже создает более высокий риск снижения функции железы.