Редко, но все же приходится оперировать аутоиммунный тиреоидит, если он привел к формированию большого зоба со сдавлением окружающих органов. В этих случаях выполняют субтотальную струмэктомию. После операции обычно назначаются тиреоидные гормоны в качестве заместительной терапии, так как после операции на пораженной аутоиммунным тиреоидитом железе практически всегда развивается гипотиреоз.